Sanktuarium opiekują się obecnie polscy księża ze Zgromadzenia św. Michała Archanioła, czyli Księża Michalici. Już około IV wieku osiedlili się tu pustelnicy, którzy później przyjęli reguły Świętego Benedykta. Później sanktuarium opiekowały się różne zakony.
Mnisi benedyktyńscy, którzy przybyli tu, w 520 roku, wybudowali klasztor i bazylikę św. Eliasza. W 1258 roku na ich miejsce przyszli Kanonicy świętego Ducha (in Sassia) z Rzymu. Po ich odejściu Sanktuarium popadło w zapomnienie, aż do 1777 roku gdy miejscem zaopiekował się tercjarz franciszkański – Józef Andrzej Rodio. Po jego śmierci opiekę nad Grotą Matki Bożej znów sprawowali różni pustelnicy. W roku 1892 Sanktuarium powierzono Braciom Mniejszym, a w 1912 roku oddano je w posiadanie Stolicy Apostolskiej i wyniesiono je do godności sanktuarium papieskiego i Bazyliki Mniejszej. Od stycznia 1982 roku miejscem opiekuje się Zgromadzenie św. Michała Archanioła, założone przez Błogosławionego Ks. Bronisława Markiewicza.